Also ich würde es versuchen mit zwei ebenen zu lösen.
Etwa wie an dieser Kreuzung:

untere Ebene: Güterzüge / langsame Züge
obere Ebene: ICE / schnelle Personenzüge

Alternativ würde auch gehen:
obere Ebene: sehr lange Züge
unter Ebene: kurze Züge

Auf jedenfall habe ich es so gemacht, das an "Fremdeinfahrten" auf die jeweiligen Ebenen immer eine Blockstelle ist, wo dann die ensprechenden Züge hindurch beordert werden.
Für die Wartungsintervalle habe ich an den Bahnhöfen Depot's eingerichtet, die die Züge im "Wartungsmodus" anfahren. Anderenfalls entsteht das blanke Chaos, weil die Züge willkürlich ein nahegelegenes Depot aufsuchen würden.

Hier eine T-Kreuzung:


Hier eine halbe Zweiebenen Strecke - wobei mir die Lösung noch nicht zu 100% gefällt, auch ist hier die Ebenenaufteilung eine andere.



Grüße,

Marco