>kann das ein grund sein? dass da verschiedene sets durcheinander gewürfelt sind?
Ja, definitiv. Poste mal deine newgrf.

>Flughafen/Wegpunkt Problem:
Dass der Flughafen dann zu dem Wegpunkt gehört, kann schon möglich sein, ist mir allerdings noch nie passiert.
Reiße einfach den Wegpunkt und den Flughafen ab, dann warte bis das graue Stations Schild verschwunden ist und baue dann den Flughafen neu.

Es wird doch sicher möglich sein das du den Wegpunkt auch woanders bauen kannst, um sowas zu vermeiden, oder?