Ich kann die ganze Aufregung nicht verstehen. Ich habe in meinem Szenario "Mitteldeutschland" mehrmals die Sets auf neuere Versionen aktualisiert oder nachträglich Fahrzeugsset wie YST-Set, TRAXX-Set und PIPE-Set eingebaut. Es gab da sehr sehr selten Probleme.

Einmal hat das Wechseln des Sets einige Fahrzeuge auf Default (aus Tfz unangetriebene Wagons oder Wagen zu Dampfloks) zurückversetzt, die dann nicht mehr fahren konnten und die Strecken verstopft haben. Das Problem ließ sich dadurch umgehen, dass ich vor dem Tausch des Sets erst alle Fahrzeuge aus dem alten Set, welches ich entfernen wollte, in die Depots geschickt habe und dann dort mit Fahrzeugen mit Versionen aus einem anderen Set (welches nicht angetastet wurde) getauscht habe unter Beibehaltung der Fahrpläne.
Dann das neue Fahrzeug-Set geladen und die Fahrzeuge aus dem Zwischenset mit Fahrzeugen des neues Sets ersetzt habe.

Das Industrie-Set zu tauschen ist echt tricky, aber selbst da gibt es Lösungen. Wichtig ist, dass man vor dem Tausch des Sets mit dem mächtigen Bauwerkzeug alle bestehenden Industrien von der Karte entfernt. Dann kann man auf ein anderes Industrie-Set wechseln und an den eigenen Stationen die neuen Industrien einfach manuell wieder einfügen. Ist mit viel Aufwand verbunden und manchmal kommt wirklich dabei eine unspielbare Situation bei raus. Daher immer vorher Sicherheitskopien der Spielstände machen.