Zum ersten Problem:
Die Lösung wurde ja bereits gezeigt, aber warum ist es so wie es ist ?
Du hast Kombisignale verwendet. Diese sind gleichzeitig Ein- und Ausfahrtsignale.
Der Zug, welcher einfahren will erhält erst dann grün, wenn das folgende (Ausfahrt-) Signal ebenfalls grün zeigt. Dies wird aber nie passieren, da der Gegenzug dort wartet, bzw. im entsprechenden Sektor sich befindet. In der Gegenrichtung verhält es sich ebenso.
Ich verwende in solchen Situationen einseitige Pfadsignale, so daß die Zúge das jeweils rechte Gleis in Fahrtrichtung benutzen.

Zum zweiten Problem:
Warum drei Puffergleise, wenn der dreigleisige Bhf sowieso nur von drei Zügen genutzt wird ? Die hätten ja alle Platz im Bhf.

Edit:
Sry, ist ja nur ein zweigleisiger Bahnhof. Aber dennoch sollte das anfahrtsgleis ausreichen, um den einen Zug aufzunehmen.
Sollten weitere Züge hinzukommen, würde ich eventuell eine zweigleisige Strecke bis bzw. ab dem Gleisdreieck andenken.