Das ist deutlich schwieriger, die GRFs und die Savegames zu trennen. Grundsätzlich kommen Savegames und GRFs in das Verzeichnis, wo die openttd.cfg ist. Es gibt da aber noch die Unterscheidung zwischen einem "Personal Directory" und "Shared Directory", das eigentlich dazu gedacht ist, daß mehrere Leute die gleiche OpenTTD-Installation benutzen können. Möglicherweise kannst du das aber so einrichten, daß die GRFs in das "Shared" und die Savegames in das "Personal Directory" kommen.

Wie das geht, mußt du aber selber rausfinden.

Ansonsten würde ich dir eher empfehlen, ein automatisches Backup einzurichten, das die Savegames irgendwohin synchronisiert (z.B. auf Dropbox)