So viel ich weiss ist der Auto separation Patch, den du meinst, nicht in der offiziellen OpenTTD Version enthalten.

Autofill wird beim "klassischen" Fahrplan gebraucht. Dabei fährt der Zug einmal die gesamte Strecke ab und die entsprechenden Werte werden automatisch in den Fahrplan eingesetzt. Anschliessend kann man die Werte noch ein bisschen Korrigieren, und dann hat man den fertigen Fahrplan. Das macht das Ausfüllen des Fahrplanes einfacher, als wenn man alles von Hand eintragen muss.

Wenn du dir ein Patchpatch oder ähnliches runtergeladen hast mit dem Auto separation Patch drin, kannst du diesen vermutlich irgendwo in den Spieleinstellungen aktivieren oder deaktivieren. Dies gilt dann aber gleich für alle Fahrzeuge in diesem Spiel. Also gleichzeitig Auto seperation und Fahrpläne funktioniert nicht, da sich diese beiden Feautures widersprechen.
Diese Angaben sind ohne Gewähr, da ich diesen Patch noch nie ausprobiert habe.