Ich vermute mal das liegt an der Wegfindung:
Bus/Bahn sind verkehrsweggebunden. Es gibt nur die gelegten Gleise/Straßen auf denen eine passende Route gefunden werden muss.
Beim Flugzeug gibt es die standardmäßigen Schleifen über den Flughäfen und ab da Luftlinie.
Bei Schiffen gibt es nur die Ufer als Grenzen. Bei kurzen Abständen ist die mögliche Anzahl der Routen noch "relativ" gering, bei entsprechenden Entfernungen sind das aber schnell zig tausend Möglichkeiten. Da geht dann halt der Wegfindungsalgorithmus in die Knie. Vermutlich ist dort deshalb die Entfernung limitiert.

Edit: Im englischen Forum steht, dass man mit den alternativen Algorithmen (NPF/YAPF) die Limitierungen aufheben kann, dabei wird dann bei größeren Entfernungen und Schiffszahlen die Performance einbrechen.