So wie Du dein Problem beschreibst, hast Du keinen "Stau"1* sondern eine Todstellung, die Züge stehen sich gegenseitig im Weg! Da kann man nur mit sehr viel Fingerspitzen gefühl arbeiten.
1. alle betroffen Züge händisch anhalten.
2. Bestimmte Züge durch Richtungswechsel vom Knotenpunt weg locken und dort festhalten.
3. durch den geschaffenen Freiraum mit Pfadsignalen den Knoten befahren lassen.
den Befehl "Überfahre das Rote Signal" wirklich nur im Äußersten Notfall benutzen.

Klingt jetzt sehr einfach, ist aber durch deinen Post ja schon als kompliziert definiert.
Grundlegend sollte man immer So bauen, daß Züge nie! einen Kreuzungsbereich zu stellen können.

1* Ein Stau löst sich von selbst wieder auf, wenn man weniger Züge auf der Strecke hat. Er entsteht an einer Kreuzung, die die Anzahl an Zügen in der Zeit nicht schafft. Aber die Züge fahren noch!