Ah! Jetzt versteht man dich

Lang auf den Schraubenschlüssel drücken, dann "Erweiterte Einstellungen", dann "Aufträge standardmäßig ohne Zwischenhalt anfahren" einschalten, dann halten Züge als Voreinstellung nur in den Bahnhöfen, die du auch selbst in den Fahrplan einträgst.

Falls du da genauere Einstellungen brauchst, schau dir mal dieses Menü an:
Dort kannst du einstellen, ob der Zug ohne Zwischendurch anzuhalten zu einem anderen Bahnhof fahren soll, oder sogar, ob ein Zug durch einen Bahnhof nur durchfahren soll.

Wenn der Zug dann immer noch nicht die Strecke nimmt, die du möchtest, kannst du auch Wegpunkte setzen: