Ich mache das mit unter auf zwei wegen, je nachdem wie viel Verkehr und welche Arten von Personenzügen auf einer Strecke verkehren.

1) wie oben schon genannt, einfach mit vollem Fahrplan, allerdings nur zwischen großen Güterbahnhöfen, sodass ich dort die Menge anfallender Güter steuern kann.
Eine schöne, wenn auch extrem aufwändige Variante ist es, nach 24h Zeiten zu fahren. Dass heißt, den großteil des Güteraufkommens "Nachts" fahren zu lassen. "Tagsüber" verkehren dann nur wenige Güterzüge neben dem Personenverkehr.
Allerdings benötigt die Fahrplanberechnung sehr viel Zeit, und man muss entsprechende Abstellbereiche für alle Züge schaffen. (wie in echt eben auch xD)

2) Güterzüge bekommen einen unvollständigen Fahrplan, in dem nur einiger Haltezeiten vermerkt sind. An sonnsten bewegen sie sich "frei" auf der Strecke. Das funktioniert vorallem bei strecken, in den eine relativ einheitliche geschwindigkeit herrscht.