NuTracks funktioniert nicht als wegmakierer bzw. ändert nichts am Pathfinder. Bei OpenTTD versuchen die Züge immer den kürzesten Weg oder den Weg mit den wenigsten/keinen Bahnhöfen dazwischen zu nehmen.
Willst du also eine reine Güterstecke oder Schnellfahr-/Personenzugstrecke bauen musst du Wegmarkierungen benutzen.

Zu NuTracks und oTTD Versionen: Versuch mal die aktuelle Version (stable) und lade dort dann die derzeitige NuTracks Version herunter. Das sollte funktionieren.

Gruß robo