der Patch nannte sich "Subsidiaries". Der stammte aber noch aus Urzeiten, und wurde nicht auf C++ portiert. Der Patch wird garantiert nicht wieder in der Form aufgearbeitet werden, und schon gar nicht als Feature in den Hauptentwicklungszweig (trunk) übernommen.

Es gäbe dazu folgende Alternative: Infrastructure Sharing

• Im wesentlichen eine abgespeckte Variante von Subsidiaries
  
• erlaubt es verschiedenen Firmen, die Strecken und Bahnhöfe mitzubenutzen
  
• keine Tochterfirmen, entweder im Multiplayer mit mehreren Firmen spielen, oder den Firmencheat benutzen.
  

Gerade in Bezug auf globale Frachtziele wird darüber nachgedacht, diese Funktion in die offizielle Version mit aufzunehmen, da hier mit geteilten Bahnhöfen sehr gut zwischen Nah- und Fernverkehr aufgeteilt werden kann, und damit auch Konkurrenten, die in einer Stadt ein Straßenbahnnetz errichten von einem etablierten Eisenbahnnetz über die gesamte Karte profitieren können, während der Eisenbahnbetreiber von dem erhöhten Einzugsbereich profitiert.

Es gibt auch Planungen, verschiedenen Fahrzeuggruppen verschiedene Farbschemen zuzuordnen, aber das Feature steckt noch in einem frühen Entwicklungsstadium, ohne Patch. Damit könntest du auch dem Nahverkehr andere Farben zuordnen als dem Fernverkehr.

Bezüglich Fahrzeugsets:

Ich würde lieber nicht an den grfs rumeditieren, zum einen du nicht den kommentierten Quellcode, und zum anderen erlauben die meisten Lienzen keine Modifikation. Es gibt im trunk (nicht in 0.6.3) die Möglichkeit mehrere NewGRF-Sets gleichzeitig zu aktivieren, aber das würde ich bei so großen Fahrzeugsets auch nicht empfehlen, da dort immernoch Inkompatibilitäten auftreten können (Insbesondere bei Kaufpreisen und Unterhaltskosten). Also entscheide dich besser für ein einzelnes NewGRF-Set.