Also, ich rate mal ein wenig in den blauen Dunst Deiner Dioeselloks ;

Problem 1) experimentiere doch mal ein wenig mit diesen Werten:
wait_oneway_signal = 15
wait_twoway_signal = 41
(ich habe z.B. bei diesen Werten keine Probleme mit kreisenden Zügen, die warten ewig.

Problem 2)
versuch doch mal PBS-Signale einzusetzen, und zwar so wie hier erklärt. Da fehlt natürlich der Durchgangsbahnhof, den würde ich so machen:

    Also das kommende und das abgehende Gleis jeweils mit dem Einweg-PBS-Signal,
die Ausfahrten des Bahnhofes jeweils mit dem beidseitigen Signal, oder gar keins! Funktioniert auch prima!