ja das ist richtig, spätere eingriffe in das system, durch zB anhalten oder auch umbauten, bringen das ganze durcheinander.
die Seperation erfolgt, wie du bemerkt hast, über den Fahrplan (unterschiedliche startzeiten) das funktioniert halt nur solang auch alle Züge ihren Fahrplan eingermaßen einhalten.

Hat dein erster zug eine deutliche verpätung (weil vielleicht doch was am fahrplan nicht stimmt) wird er irgendwann die ihm folgenden züge aufhalten/behindern, und alle Züge rennen ihrer Verspätung hinterher und laufen aufeinander auf.

da hilft nur gelegentliches nachschaun ob auch noch alles passt. Mit wachsendem passagieraufkommen, muss man evtl später die Standzeiten noch einmal erhöhen usw.

genauso dauert es eine Weile, bis sich alle Züge normalisiert haben, wenn man ein paar zusätzliche Züge einfügt. hier kommt es immer zu kleineren Staus, bis alle Züge einmal rum sind, ihre neue Startzeit haben und entstandene Verspätungen wieder ausgeglichen wurden.