das schlüsselwort hier heißt "gemeinsam genutzter Fahrplan"
der wird erstellt, wenn du beim kopieren eines fahrzeugs oder des fahrplans die strg-tatste gedrückt hältst.

hat dann den effekt, das alle änderung am fahrplan eines fahrzeugs auch automatisch für alle anderen gemacht wird, und ist halt grundvoraussetzung für den seperation patch.

genauso soltest du den zügen nach automatisch erstelltem fahrplan eine gewisse wartezeit an den bahnhöfen manuell einräumen.
denn mit steigender ladung warten die immer länger im bahnhof und erzeugen so zwangsweise verspätungen, die sie nicht mehr aufholen können. Und wenn die Züge immer früher losfahren, weil sie ihre verspätung gut machen wollen, es aber nicht schaffen, laufen sie früher oder später wieder aufeinander auf.

persönlich kenne ich seperationpatch nur aus dem gonozalIN, aber da funktioniert das prima. gibt auch nur eine extra einzustellene option in den patches. "force seperation of vehicles by timetable" = ON
das funktioniert prima, solange man halt wie oben beschrieben vorgeht.