Wenn man sich eine Verknüpfung für OpenTTD anlegt, und den Ordner in den die Anwendung ausgeführt wird auf ein anderes Ziel legt, werden zumindest die Spielstände standartmäßig aus eben diesem anderen Ordner geladen bzw. dort gespeichert. Ob das auch andere Dateien wie die openttd.cfg betrifft kann ich allerdings nicht sagen. Überprüfe doch mal ob du vllt. einen anderen Ordner unter "Ausführen in" in deiner Verknüpfung angegeben hast, falls du OpenTTD überhaupt per Verknüpfung startest.