Das Fahrplantool ist der absolute Hammer! Ich persönliche nutze diesen nur noch, damit das von Dir genannte Problem nicht mehr auftritt. Auch kann man so auf einer eingleisigen Strecke geplante Kreuzungen fahren.
Ich persönlich komme damit besser klar, wenn ich statt Ticks die Tage anzeigen lasse. Einfach mal auf einer kurzen Strecke probieren.
Und bei Verspätungen? Habe ich keine.
Da musst Du beim Planen mehr Zeit einplanen. Ich lasse den Zug einmal den kompletten Plan fahren und automatisch ausfüllen (das braucht es nur beim ersten, danach übernimmst Du den Plan vom bestehenden Zug) und passe die Zeiten am Bahnhof an (das braucht ne Weile weil sich das nach Wagen, und Besetzung ändert. ). Am Anfangs und Zielbahnhof lasse ich immer mehr Zeit, damit er dort auf jeden Fall die Verspätung gut machen kann. Du kannst aber auch einfach längere Zeiten für die Fahrt eintragen, sollte er zu früh sein wartet er am nächsten Halt bis alles wieder stimmt. Richtig Spaß kommt auf wenn langsame und schnelle Züge auf einer Strecke fahren und der Zug mal hängt. Da siehst Du wie gut der eingebaute Zeitpuffer ist.

Gruß Micha