Die Wagen haben bestimmt nicht verschiedene Geschwindigkeiten! Die haben vermutlich immer dieselbe Geschwindigkeit wie die Lok, also sobald die Lok auf die Diagonale kommt, wird der gesamte Zug langsamer. Das machst sich deshalb erst bei längeren Zügen bemerkbar, da die Züge wohl nie ganz 100% aufeinander fahren und darum immer eine kleine Bufferzone zwischen den Zügen ist, und bis sich das auf den hinteren zug bemerkbar machen würde, ist der längst schon selbst auf der Diagonalen und folglich auch langsamer bzw. ist die Diagonale zu kurz, ist der erste zug bereits wieder auf der Geraden, bevor sich das überhaupt auf den anderen Zug bemerkbar macht.

An der obrien grafik sieht man das ja wieder gut:
Ein sechs Felder langer Zug passt sowohl exakt auf die blaue Strecke als auch exakt auf die grüne Strecke. Da beide Züge sur selben Zeit am roten Kreisbogen sind, hängt der Zug auf der grünen Strecke halt immernoch über die Verzweigung hinaus, während der Zug auf der blauen Strecke schon aus der Verzweigung rausgefahren ist.

Das Problem liegt einfach darin, dass die Geschwindigkeit realistisch berechnet wird, also nach dem Prinzip des roten Kreisbogens, die Zuglänge wird allerdings eigentlich falsch berechnet, und zwar nach dem Prinzip blaue Strecke = grüne Strecke!