Hast du noch eine Win98 CD?
Leg die ein und starte mit Eingabeaufforderung.
Wechsle in den Ordner mit den DOS Dateien.
Und dann einfach >format c:<.

Mit einer Linux Boot CD kannst du auch problemlos die Platte formatieren.
Du kannst die aktive Partition auch löschen und dann normal mit XP CD starten. Dann kommt garantiert das Menü zur Auswahl der Partition.
Dort kannst du dann die aktive primäre Partition wieder neu erstellen und formatieren.