Also, ich glaube dein Problem ist das alle Züge gleichzeitig beladen werden und somit auch gleichzeitig fertig sind und glichzeitg losfahren.

Dagegen gibt es 2 Lösungen:
Du baus einen Bahnhof mit einem Bahnsteig und eine Art Warteschlange davor.
Als wenn der Bahnhof 5 Felder lang ist, einfach die Einfahrt auf eine Seite, und einfach ein lange stück schiene davor und alle 6 Felder ein Signal setzen.
So kann ein Zug nur auf das Gleis fahren, wenn es leer ist.
An das andere Ende vom Bahnhof einfach die Ausfahrt dran.

Eine weitere Möglichkeit ist, du nutzt FIFO-Loading (First In First Out (frei übersetzt: wer zuerst kommt mahlt zu erst)
Das bewirkt, das der Zug, der zuerst am Bahnhof ist, erst voll beladen wird.
Wenn er voll sit werden erst die nächsten beladen.

Soweit ich weiß gibts das auch bei OpenTTD, seit wann und wo man es aktivieren muss und wie gut es funktioniert weiß ich nicht.
Bei TTDPatch läuft es mitlerweile ganz gut.