Das Problem habe ich auch schon gehabt. Die Einstellungen bleiben nur gespeichert, wenn ich sie in Hauptmenu mache. Im Spiel selber mache, gelten sie nur für das Spiel (Savegame). Übernommen werden die globalen Einstellungen anscheinend auch nur für neue Karten. Bei bestehenden Karten verhält es sich wie bei gespeicherten Spielen und es gelten die Einstellungen zum Zeitpunkt des Abspeicherns.

Die Einstellungen gehen also nicht verloren. Es sind einfach andere Einstellungen gespeichert, die beim Laden übernommen werden.