> Mit ist mittlerweile aufgefallen das wenn im Fahrplan (aus welchem Grund auch immer) ein Haltepunkt existiert der nicht Angefahren werden kann - kommt es zu diesem Phänomen.

wo ist da das Phänomen? Sei froh dass Dich der Lokführer nicht verklagt. Der versucht doch nur dahin zu fahren wohin er laut Fahrplan soll!
Mach vernünftige Fahrpläne, setze die Signale richtig, und schon wird es funktionieren.

Und 'Geistereinträge' gibt es nicht. Es ist auch unmöglich dass sich Bahnhöfe selber eintragen. Vlt. hast Du beim anklicken des Bahnhofes (um ihn in den Fahrplan aufzunehmen) einen Zug im Bahnhof angeklickt der einen anderen Fahrplan hat? Dann wird nämlich dessen Fahrplan eingetragen.
Und Verfahren tun sich die Züge immer dann wenn die Streckenführung zu kompliziert ist (die Zugführer können schwer um die Ecke denken, also die Linen nicht zu komliziert bauen!).