Ist zwar schon ein Stück alt, aber mal so als Anregung:
Könnte es nicht funktionieren, wie ein Depot mit mehreren Eingängen? Die Züge in Depots werden ja vom Spielfeld genommen. Wenn man jetzt einen entsprechenden Bahnhof baut, dann könnten die Eingänge, wo jeder letztlich auf einem anderen Feld liegt, doch wie ein Depot funktionieren. Zwar sieht man die Züge nicht, aber wenn ich den Berliner Hbf ansehe, "verschwinden" die Züge ja auch drin. Damit wäre zumindest das Problem mit den Ebenen gelöst.
In wie weit man dann den Bahnhof aus Parts selber bauen kann, weiß ich nicht, sollte doch aber möglich sein, vorgefertigte Tiles anzubieten, dazu die entsprechenden Portale in die die Züge ein und ausfahren. Die müsste man dann nur beim erstellen des Fahrplans angeben, sofern der Gebäude nicht als eins gesehen wird.