Ich hab das Spiel nicht angeschaut, aber daß die Züge sich nicht richtig an die Fahrpläne halten kann zwei Gründe haben:

1. Du hast nicht genug Pufferzeit eingeplant, beim ersten Durchlauf sind oft noch nicht so viele Passagiere da, so daß bei späteren Umläufen das beladen Länger geht. Nach dem Befüllen des Fahrplans solltest du an den Endstationen ne längere Wartezeit einplanen, insbesondere wenn die Züge auch mal ins Depot fahren.
2. Der zweite Zug hat Verspätung, kann aber nirgenswo den ersten Zug überholen. Das kann zum Beispiel passieren, wenn ein Zug im Depot war, und der andere währenddessen vorbeigefahren ist. So kann der zweite Zug seine Verspätung nicht mehr abbauen.