1) Geht mit http://www.bytetransfer.de/projects/ttdpatch/grdtogrf/
Dabei darfst Du nicht vergessen eine GRFID anzugeben, sonst kannst Du die grf hinterher nicht laden. Allerdings habe ich das Tool selbst nie benutzt/gebraucht.

2) Die technischen Details habe ich nur vorbeugend geschrieben, damit keiner nachfragt, wenn ich "fast alle" schreibe. Hat wohl nicht geklappt.

3)
Du kannst noch versuchen, die oldwagons-newcargos grf an oberste Position in die Grfliste zu setzen. An einer anderen Position braucht das grf zwar nicht funktionieren, wenn Du aber ein neues Spiel gestartet hast, sollte OTTD zumindest nicht abstürzen. Wenn Du ein paar Details nennst, sprich welches Tramset (oder was Du mit S-Bahn meinst) Du benutzt, kann ich den Bug an geeignete Stelle weiterleiten.

Edit: Oder besser gleich eine Liste aller geladenen Newgrfs