âlso die offizeille Seite ist immer noch OpenTDD.org
(in wie weit die auch das MiniIN supporten weiß ich nicht)

nicht zu den Versionen.

es gibt immer die aktuelle "stabile" Version von OTTD
das ist momentan 0.47 (bzw 0.48 RC2)
Diese Version ist die wohl verbreitetste (gerade im Multiplayerbereich), da sie in der Regel ohne Probleme funktioniert und du sofort Nach installation losspielen kannst.

Das Nightly spiegelt den aktuellen Stand der Weiterentwicklung wieder. Hier erschient nahe zu täglich (bzw "nächtlich" ^^) eine neue.
Nightlys kämpfen jedoch häufig mit Stabilitätsproblemen oder anderen Ungereimtheiten. Es ist eben das was es ist, eine Testversion (sozusagen Beta)

Zu den verschiedenen Versionen gibt es immerwieder sogenannte Patches. Weiterentwicklungen/Ergänzungen die nicht immer den Segen des Entwicklerteams finden. (oder deren Funktionen aus anderen gründen nicht in der aktuellen ReleaseVersion zu finden sind)
Das MiniIN ist nichts weiter als Sammelsurium dieser Patches. Sozusagen eine Art "Best-Off".
Schließlich gibt es eine Menge Patches, die irgendeinen nützlichen Effekt haben, jedoch nicht immer Problemlos unter einen Hut zu bekommen sind.
Die herausgeber des MiniIN nehmen dir quasi das rumgenerve mit kompatibilitätsproblemen der Verschiednen Patches ab, und schnüren alles zu einen Handlichen Paket.


Die Frage nach der "besten" Version ist wohl eher eine Frage der persönlichen vorlieben.

Wer immer auf aktuellem Stand sein will und sehen will was da in der Zukunft so kommen wird, der nutzt die Nightlys.

Zum einfach nur problemfrei spielen tuts es die Standartversion.

Und für viel Funktionsumfang und allerlei Schnickschnack gibt es das MiniIn